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时间
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授课题目
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授课内容
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1月11日
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15:00-21:00
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1月12日
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08:00-08:30
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08:30-09:00
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09:00-12:00
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NCBI数据库常用资源:Nucleotide、Gene、Unigene子数据库的功能及信息注释;常见序列格式的转换。
EBI数据库常用资源:Ensembl、HGNC、expression Atlas子数据库的功能及信息注释。
基因结构注释在线工具:内含子剪切位点、可变剪接、启动子序列、转录因子结合位点。 |
14:00-18:00
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蛋白质序列数据库:UniProt数据库、PIR数据库的功能及信息注释。
蛋白质相互作用数据库:String数据库、IntAct数据库的信息注释。
蛋白质结构数据库:PDB数据库的信息注释 |
1月13日
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09:00-12:00
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miRbase/TargetScan数据库:miRNA信息注释及靶基因预测
Noncode/LncRNAdb数据库:LncRNA信息注释及靶基因预测 |
14:00-18:00
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Gene Ontology、KEGG pathway数据库的信息注释
利用DAVID在线工具富集分析基因集功能
利用Excel软件/Venn在线工具绘制基因集功能富集图及维恩图(Venn分析) |
1月14日
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09:00-12:00
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利用ArrayTools软件处理从NCBI GEO子数据库下载的表达数据
利用Cluster/Treeview软件进行聚类分析
利用FunNet在线工具进行共表达网络分析 |
14:00-17:00
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利用Cytoscape软件进行关联基因注释、文献检索及其交互关系、分子间相互作用及基因表达图形化分析。 |
注:上机实践需自带笔记本电脑,会场将布置充足的电源插座。请确保电脑配置无线网卡,操作系统为Win XP/7/8/10,而非Mac系统或上网本(个别软件不能运行)
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